四国八十八ヶ所霊場の第五十五番札所。越智玉澄が文武天皇の勅願により今治沖の大三島に大山祇明神を勧請、法楽所として24坊を建立。712年、その別宮を越智郡日吉村に移した際、24坊のうち南光坊を含む8坊を別当寺として共に移した。その後、弘法大師が四国巡錫の際に別宮に参拝して霊地と定めた。四国霊場において「坊」が付くのはこの寺のみ、釈迦如来の師とされている大通智勝如来が本尊として祀られている札所も他にはない。南光坊の僧で高野山三宝院住職となった越智寛雄は、信者から送られたお供えの米穀から品質の良い稲を選んで南光坊に持ち帰り、品質の良い三宝米の祖とした。