四国八十八ヶ所霊場の第八十八番札所。遍路の旅の終着「結願」の寺。養老年間に行基が開創。後に弘法大師が唐より帰朝、現在の奥ノ院の岩窟で求聞持法を修し、大きな窪のかたわらに一文字の草庵「一堂」堂宇を建立、薬師如来像を本尊として安置した。大師は四国巡行中に手に持っていた三国（日本、唐、天竺）伝来の錫杖をここに納めて第八十八番結願所と定めた。大窪寺は女性の入山を許していたため、後に女人高野ともいわれ、参拝者で賑わったという。八十八箇所打ち納めの人は金剛杖をこの寺に納めるのが慣わしとなっており、奉納された金剛杖は3月と8月に柴灯大護摩で供養される。